Fenster stellen den Bezug zur Umwelt her und lassen Licht in die Räume. Darüber hinaus wirken sie wie "passive" Sonnenkollektoren, sie lassen Sonnenenergie ins Haus. Fenster in Passivhäusern sind dreifachverglast, auch die Rahmen sind sehr gut wärmedämmend. Die hochwertigen Fenster lassen im Winter mehr Sonnenenergie in das Gebäude als sie Wärme nach außen abgeben. Im Sommer steht die Sonne höher, dadurch ist die Solareinstrahlung bei Südfenstern begrenzt, der Großteil der Strahlung wird reflektiert. Beim Passivhaus ist die Anordnung der Fenster sinnvoll zu planen. Größere Glasflächen sollten im günstigsten Fall südorientiert angelegt werden. Eine Ost oder Westorientierung führt im Sommer leichter zur Überhitzung, erfordert deshalb eine sorgfältige Planung über einen eventuellen Sonnenschutz.

Es gibt Fenster aus Holz oder Holz mit Aluminium kombiniert. Alu an der Außenfront bildet besonders bei Holzfenster einen optimalen Schutz vor Witterungseinflüssen, während im inneren die schöne Optik und wohnliche Ausstrahlung des Holzes dominiert.
Um die Energieverluste durch den Fensterrahmen zu minimieren, werden in speziellen Kammersystemen, Dämmstoffe aus Naturprodukten wie Holzfaserplatten oder Schaffwolle eingebracht.